Fundación Goya en Aragón

No se conocen los detalles del encargo de este retrato, ni tampoco la cronología exacta, por eso se fecha respondiendo a la técnica pictórica. Sí se conserva, no obstante, el testimonio de la sobrina del retratado, Carmen Arteaga Fernández de Reboto, recogido en la publicación de María Rosario Barabino. La sobrina hablaba sobre la estrecha relación que unía a su tío y al pintor, forjada a raíz de las numerosas consultas artísticas que Goya le planteaba, siendo éste consciente de sus grandes conocimientos sobre Arte. La buena estima en que el artista tenía a fray Juan le llevó a realizar este retrato, a pesar de las constantes negativas del religioso; un retrato donde, en palabras de Carmen Arteaga, Goya echó "el resto de sus artísticos conocimientos, particularmente en el parecido y en el colorido".
Sugiere Margarita Moreno de las Heras que la obra perteneció al retratado y pasó por herencia a su sobrina, Carmen Arteaga Fernández de Reboto, en Madrid. Después pasó, de nuevo por herencia, a la propiedad del hermano de ésta, Santiago de Arteaga. En su testamento, y por disposición del mismo fray Juan, pasó a la Real Academia de la Historia en 1857.

Juan Fernández de Rojas (Colmenar de Oreja, Madrid, 1750 - Madrid, 1819) fue un intelectual especialista en filosofía, literatura, poesía y teología. Se formó en la Escuela Poética de Salamanca, profesó en los agustinos de San Felipe el Real, en cuyo convento madrileño falleció, y fue profesor de Teología y Filosofía en Toledo. Defensor de la teología moderna, fue atacado por el sector más conservador de la Iglesia. Adquirió renombre por sus discursos cristianos y sus escritos: críticas literarias y obras satíricas. Con Goya mantuvo una buena relación. El clérigo aconsejaba al pintor con sus conocimientos de pintura y estética, y la sátira que ambos practicaban en literatura y en pintura respectivamente, les unía en su forma de pensar.
En este retrato Goya ha centrado toda la atención en los rasgos fisonómicos del clérigo, sin dar importancia al atuendo o al fondo. Así, la sotana negra se configura como una masa informe, oscura y plana, como un montículo de marcada composición triangular donde se apoya la cabeza de soberbia factura, y el fondo es de un color verdoso-grisáceo indeterminado, también plano. El rostro de fray Juan Fernández refleja sabiduría a través de una intensa mirada. Está ejecutado a base de pinceladas cortas que van construyendo las facciones con rigor y esmero, resultando uno de los retratos goyescos más atractivos de esa época.